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我最喜欢的r包和你能用他们做的很酷的东西

我最喜欢的r包和你能用他们做的很酷的东西

R的最佳部分之一是它是多么可扩展。多年来,社区已经汇总了数百(数千人)的惊人包,使您的工作流程更轻松。这种财富的缺点是,很难找到完全做到的包裹!因此,我在没有特别的顺序中汇集了我最喜欢的包裹列表,由它们的主要功能分组。将您的收藏添加到评论!

入门

卡在如何开始使用这些包装?只需使用以下代码来安装和加载包,或使用R-Studio中的GUI为您来做。

示例:包是ggplot2

install.packages('ggplot2')#只需要调用一次

每次启动新r会话时都必须调用库(ggplot2)#

可视化的包

ggplot2.

那里有许多出色的可视化包。但是,我最喜欢的,也是最受欢迎的,是“图形语法”绘图包:GGPlot2。使用此包,您可以创建惊人和复杂的图形和图。

格拉底

GGPLOT2的一个缺点是您不能再使用基础图形来在一个数字窗口中设置多个绘图[使用PAR(MFrow = C(2,2))]。幸运的是,有一种方法:通过Grifextra,您可以在任何配置中放置多个GGPLOT2绘图

开罗

一旦您制作了漂亮的图形,您希望能够将它们保存到保留该美的格式,特别是当您在发布质量的数据时。我用开罗来做到这一点,可以将您的图像转换为PDF,SVG,EPS,基本上您想要的任何形象类型,易于使用的语法。

统计包

LME4.(或者nlme.

我是一个糟糕的科学家:我设计实验,需要复杂的统计数据,以适当分析,大多是在我的数据中考虑分层结构的混合模型(例如,随着时间的推移重复测量,或者在盖玻片中测量多个单元(副页))。我主要使用优秀的LME4来创建我的混合模型。然而,其他人更喜欢NLME。两者都很棒,所以与你更喜欢的语法一起去。

预报

有时我会使用时间序列数据。当我这样做时,我转向丰富的预测包来帮助我分析该系列。

动物园

虽然预测有很多内置的,但有时候我只需要一个伟大,容易的滚动式,滚动标准偏差或类似的。对于这些函数,我转向动物园包。

斯卡塔特

我最近一直在学习如何在不同情况下分析模型生物的空间分布。为此,我使用spatstat('spatial statistics')包。

数据争吵

dplyr.

如果您刚刚开始使用R,您可能是使用循环的困难方式的计算信息。然后我用较少的循环和应用命令来完成略微困难的方式。最后,我看到了光线并开始使用dplyr,在拆分数据之后应用函数,但是您希望,然后将其再次结合在一起。对于初学者来说,这可能是一点复杂,但一旦掌握命令和匿名函数,就非常强大和直观。

生物信息学

生物体

您是否使用基因组或芯片测定或阵列或流量?然后,Biocometiond是您要用于分析数据的方法。Biocometiond有一个非常活跃的社区,每年获得2个更新,并且有很多资源可用于帮助您开始如此生物导体课程

stringr.

也许我做错了,但我经常在文件中保留我的数据,其中文件名本身具有与数据相关的重要信息。我可能必须将100多个文件加载到R中作为数据。帧,并且通常希望在进程中从文件名解析信息。我使用stringr执行此操作:Stringr允许您为字符串进行各种有用的东西,例如查找模式。

分享

kn

如果您在网上看R博客,我敢打赌,您已经看到了一些非常好的,混合代码,可读文本,并以非常漂亮的方式输出。事实证明,有一个R包,这使得这很容易!KNITR允许您将“R Markdown”文件组合,该文件将实际代码,代码结果和文本与出色的格式组合,可以将其作为网页和幻灯片导出。用knitr,你甚至可能不得不使用PowerPoint!

闪亮的

厌倦了你的老板要求你用不同的参数重新运行一些分析?想要展示学生如何用不同的变量改变功能的形状如何?然后闪亮是给你的。闪亮让您将使用R代码和R图形的交互式Web应用程序放在一起。

我想念什么?在评论中添加您的最爱!

图像信用:脱威尔姆????????

4评论

  1. Abdulrazzag M Falah. 2018年7月11日晚上8:02

    如果您进入教育测量和精神仪,那么您需要使用项目响应理论。'MIRT'套餐是一个去的人。此外,如果您正在进行任何因素分析,那么您肯定会享受“Lavaan”的包装。
    除了您提到的图形包外,我认为GGPLOT2非常慢,因此我通常更喜欢使用'格子'包。我发现它更直观,更快。
    对于数据估算,我会推荐“小鼠”包。

  2. Tyelcie. 2016年11月21日在上午4:51

    感谢分享!!
    但我注意到这篇文章去年发布,是否有任何更新?

  3. 坦率 2016年7月7日晚上7:36

    代码install.packages('ggplot2')对我没有工作,但install.packages(“ggplot2”)做了

  4. bob体育是赌钱的吗 2015年12月24日上午7:00

    [...]每个人都在基础研究中使用某种统计数据。在熟练的生物统治者中,R是最流行的数据分析软件,但并非所有数据都需要如此高级计算来制作[...]

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