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在分子生物学软件中寻找的10件事

分子生物学软件

我最近跌跌撞撞了这个列表分子生物学软件工具。虽然它非常有用,但我想,如果一个程序可以做出许多这些任务,那么它不会更容易!“幸运的是,在该清单出版的时间内,新软件已经开发出来!我的最爱,基因组编译器,是一个优秀的免费程序,包含在上一个列表中提到的许多功能,并将满足您的大部分分子生物学软件需求。

以下是选择DNA设计程序时要查找的十件事,无论您是使用Genome编译器还是其他方式。

1.克隆能力

这介绍了寻求分子生物学软件程序的趋势,让您在一个地方执行最广泛的任务。寻找具有良好克隆工具的程序和选择方法来克隆您的序列。克隆巫师使过程非常容易;只需在向导中拖放您的载体和基因,您可以可视化克隆过程。

2.序列注释

任何用于设计DNA的软件都应允许用户注释它们的序列。如果有手动和自动注释选项,这很棒,因此您可以选择对特定序列的满意需求。序列注释作为项目进行了至关重要的是,因此确保软件具有简单,有组织的注释表单。它会让你的生活更容易沿着线条更容易。

3.底漆设计

每个分子生物学家都了解底漆的重要性用于成功的DNA扩增。一个很好的软件将具有自动设计,克隆和排序引物等功能,以及用于存储和重用您之前设计的引物的底漆库。这些库允许您存储底漆,保留更新的库存,轻松地与他人分享并自动将引物连接到您正在处理的序列(退火底漆)。

4.文件导入

有时候,当您没有从头开始启动项目时,程序允许您从Web上的其他地方导入文件或保存在计算机上。最好的程序将让您轻松导入许多不同的文件格式和数据库,例如NCBI。

5.共享能力

关于基因工程的最佳措施之一是Digital的简易方便,您可以与其他研究人员合作。确保您选择一个使此操作简单的程序,其中有组织的库可以轻松地与他人分享。

6.跟踪变动

如果您计划在您的序列(大多数研究人员做)编辑序列,则是必要的功能。

7.节省时间

尽管分子生物学软件使DNA设计比曾经是更简单的设计,但仍有一些可能是繁琐且耗时的一些任务。寻找具有嵌入式新兴技术的软件,如RBS计算器确保您的设计可以尽可能快速地完成,尽可能快速地完成。

8.限制酶消化

实际上在序列上运行摘要并模拟生成的片段允许您判断您的基因是否处于正确的方向,以克隆,避免错误并节省您的时间。

9.密码子优化

太多的密码子导致过饱和于系统中mRNA的核糖体。确保您选择的软件密码子优化您的设计,以避免在翻译中的“交通堵塞”!

10.直接订购

在您的DNA设计终于完成后,挑战挑选合成站点和“围绕购物”的挑战...这是一个伟大的Perk和一个实时的节省者。

在那里有一大吨分子生物学软件,因此确保您完成研究,以找到具有您在一个地方所需的最多功能的设计师。选择软件时对您最重要的是什么?

分子生物学软件

5点评论

  1. Sven. 2018年8月9日上午5:20

    你好呀,
    我遇到了一个免费的在线,超级易于使用PCR底漆设计工具,用于克隆项目(克隆来自Biotroll工具的巨魔)。它具有多个克隆站点数据库中的构建,用于最常见的表达向量。可以轻松使用自定义。全自动工具几乎不可能创建故障的底漆集。它检查插入内的内切核酸酶网站,并调整读取框以确保正确的翻译。加上整个底漆设计程序实际上是秒!结构良好的结构总结了设置,并包含在包括翻译的硅组装载体插入分子中标记的标签。
    克隆巨魔工具可以找到:

    http://biotroll.com.

  2. 朱利安Dal Col. 2016年4月7日下午4:18

    平台也是一个非常好的替代品。

    在我的手中,它优于基因组编译器,尤其是在处理使用其他软件产生的数据方面。

    数据导入超级方便,快速,自动注释以及自动底漆识别专用于实验室的共享Oligo库和共享注释库。

    人们经常批评平衡,因为数据在云上。但是,只需点击一下即可进出口/下载/下载(立刻)。实际上,我下载了我编辑的任何文件,并定期将其保存在我们的服务器上。然后,当我不需要Bnchling中的数据时,我将从云中删除它。

    最好,

  3. 刺戳 2016年3月21日在上午7:03

    Ugene - 基因组分析软件(替代方案:Vector Nti,柔和,串行克拿,PDraw)
    NCBI基因组工作台 - 序列分析和更多
    JALVIEW - 用于多个序列对齐的编辑器,Bioedit的替代方案,Artemis

    在寻找自由软件时也有用的是Linux发行版一般或专门的:
    https://help.ubuntu.com/community/ubuntuscience#biology.- 并且
    https://help.ubuntu.com/community/ubuntuscience/biology
    http://www.dnalinux.com/installedsoftware.html.

  4. 皮特 2016年3月16日上午9:09

    What’s important to me is that data is not stored “in the cloud” (aka “on someone else’s computer”), the program is “free/libre” [1] and hence safe to use, and cross-platform (i.e. has a native client on Linux). AFAICT Genome Compiler fails on all these points. I’m currently using Geneious and Serial Cloner, neither of which is “free/libre”, but ticks the other boxes. Unfortunately I’m yet to find software that covers all bases.

    [1]https://en.wikipedia.org/wiki/free_software.

    • 弗拉基米尔 2016年4月6日上午11:45

      嗨,尝试webdsv。它是一个完全自由的平台独立的分子生物学软件,在Web浏览器中运行,但在没有任何云存储的情况下具有本地数据处理。不需要注册,用户保持匿名。它适用于GenBank文件,因此它与几乎任何其他软件兼容。它还允许编辑Genbank文件标题,包括“注释”字段。因此,用户可以存储关于他直接在序列文件中进行的更改的音符。WebDSV伴随着一堆限制分析的互补应用程序,DNA化学性质计算等。

      http://www.molbiotools.com/webdsv/index.html.

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