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ChemDraw:(生物)化学家的多功能分子素描工具

清理结构

你是否曾经想过如何制作专业的、易于理解的分子图形用于演示或出版物?虽然有几个程序是为了这个目的存在的,ChemDraw就像瑞士军刀的化学素描程序,大多数化学家和期刊使用准备数字。

除了产生化学准确和易读的图的能力之外,ChemDraw可以对化合物进行深入分析并预测其性质。在本文中,我将突出一些方便的化学家和生物学家的化学品特征。

究竟是什么chemdraw?

ChemDraw的核心是一个绘图程序,允许用户绘制化合物的骨架结构,然后可以转移到其他程序,如MS Word、Powerpoint和Adobe Illustrator。使用ChemDraw可以很容易地创造出能够吸引广泛受众的图像,无论他们是你的PI,研讨会参与者,还是普通公众。它特别有用发表的数字因为您可以轻松地操作化学结构和公式的微小细节,以及将观众的眼睛吸引到真正重要的东西。

大多数大学和几家公司都有一个ChemDraw许可证免费试验也可用。

使用ChemDraw制作美丽的人物

ChemDraw对新用户来说非常直观。如果您了解骨骼公式,您可以使用ChemDraw!该程序包括一种可定制选项的多种可定制选项,如设置键长度和宽度,更改单个原子的字体和大小,以及改变原子和键的颜色。您可以在所有轴中包含立体化学和旋转分子。还包括分子电荷,原子轨道和各个电子。

ChemDraw不仅仅局限于绘制化学结构。某些版本包括可定制的生物艺术,从酶和受体到整个生物体和长凳设备的卡通。您可以使用这些模板结合化学结构和反应方案来显示一个实验是如何执行的,或一个化合物如何适合整个实验。如果你使用薄层色谱法,甚至有一个工具来创建TLC板图像。

生物艺术和TLC板

图1:生物艺术和TLC板。几丁质是节肢动物外骨骼的主要成分,这种甲虫生物艺术很方便地展示了这一点。我还画了一个TLC板的例子;我经常在小组会议中使用这个工具,当我在排除综合故障时!

现在,我们已经介绍了如何制作结构和图形,让我们深入了解使用ChemDraw可以做的许多其他令人兴奋的事情!

6 ChemDraw工具让您的一天更轻松

1.清理结构

这是我最喜欢的绘图工具之一。在我完成特别复杂的分子之后,粘合通常最终有奇怪的角度和变化的长度。清理结构调整键角和长度,使它们保持一致且清晰。值得注意的是,此工具并不完美,有时可以在清理复杂和多环结构的情况下进行麻烦。开始与一个有点接近你想要它看起来可以帮助的结构。

清理结构

图2:清理结构。使用清理结构工具后,键长和角度看起来更好!

2.转换名称到结构和结构到名称

你有没有读过一篇使用分子探针的论文,题目是“苯并[g]喹唑啉-2,4-(1H,3H)-二酮2”?(从精神麻痹中恢复后)想知道这种分子到底长什么样?ChemDraw可以很容易地将复合名称转换为相应的结构-只需复制并粘贴名称到“名称转换为结构”工具。您还可以将已绘制的结构转换为名称。ChemDraw甚至可以在一个肽序列中使用三个字母的缩写(例如ala-glu-gly),生成一个全长的肽。

抗生素

图3:抗生素。我花了两个分钟才能使用转换名称到结构工具!

3.化学性质及分析:

通过选择“查看”标签下的这两个窗口,你可以看到一个选择的分析信息,包括分子式,准确质量,自由能,pKa值,预测沸点,和更多!当我用a的时候,我发现了准确的质量质谱计这不会导致我感兴趣的分子碎片。

化学性质及分析

图4:化学性质及分析。使用化学性质和分析窗口可以访问大量的信息。

4.碎片分析

谈到质谱法,质量碎片工具显示在选择可能的碎片点时的片段分子量。只需将碎片化工具拖到您要突破的键上以获得每个片段的确切群众。

大规模碎片碎片

图5:质谱碎片。2-异丙氧丁烷有两种可能的裂解。

5. NMR预测

我认为最有价值的东西之一是ChemDraw的NMR预测工具。我不是分析化学方面的专家,所以我经常使用核磁共振预测。只需简单地点击一个按钮,ChemDraw就会生成一个带有标记氢(或碳)的预测核磁共振谱。重要的是要记住,光谱确实是估计的,实验发现可能不同。最好将其与实验确定的NMR进行比较(见下面第6条)。

NMR预测

图6:NMR预测。预测的酪氨酸的1H NMR。

6.数据库搜索

新版本的ChemDraw有一个直接链接到SciFinder的功能,这是对这个多功能软件的一个强大的补充。只需选择一个结构或反应,并单击SciFinder按钮。从那里,你可以探索实验性质,已发表的文献和专利,以及合成路线。

在ChemDraw中最大限度地提高您的效率

一开始使用ChemDraw可能会有点困难,但快捷键和热键会有所帮助。我一直在学习ChemDraw工具的新应用程序和快捷方式。从这个意义上说,很像擅长化学家!!视频教程很丰富,它们是开始查看ChemDraw提供的优秀方式。事实上,几乎所有关于ChemDraw的一切都在YouTube上。Cambridgesoft也提供网络研讨会和文章,虽然这些通常是针对有经验的化学家使用过ChemDraw。

虽然本文绝不是ChemDraw的能力的详尽清单,但我希望您能够了解该软件的能力。有很多工具,我甚至从未使用过可用!如果你是一个艰苦的化学家,我非常鼓励你看看ChemDraw网站了解更多。

清理结构

2评论

  1. [电子邮件受保护] 2019年1月30日在下午6:27

    我如何使用chemdraw

  2. @kayakphilip 2017年9月22日晚上10:09

    伟大的评论,谢谢。还有几件事需要评论。

    One - ChemDraw现在由PerkinElmer提供,剑桥软件在几年前被收购。
    二、本网站更与时俱进:http://www.perkinelmer.com/product/chemdraw-professional-chemdrawpro.
    三 - ChemDraw v17刚刚发布,这可能会为您的6个ChemDraw工具提供一些额外的想法,使您的一天更轻松。巨大的新增添加是对绘制分子的热键的主要增强速度更快。样品中有一个备忘单,一些视频即将推出。
    四 - 用于使用非天然氨基酸或核苷酸序列的化学家有一种新的构建生物聚合物的新能力,包括使用从活血联盟的掌舵符号。这允许使用标准和可伸展的单体库进行真正快速地产生生物聚合物。

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