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如何成为一个生物形态的人

内容赞助Sigma-Aldrich®高级基因组学

拿着有科学符号的科学家的手的图片,显微镜和科学设备包围的科学符号表示有职业生物信息学的职业生涯

对生物信息学的职业感兴趣吗?我们已经对培训进行了低调,您需要追求这个职业道路,以及让您开始学习的方便资源列表。

什么是生物信息学?

生物信息学是一种跨学科领域,将数学,计算机科学,物理学和生物学结合在一起,帮助回答现代生物科学研究中的关键问题。生物信息管理员通常在多学科群体中,包括来自不同研究背景的人。

生物信息管理员做了什么?

生物信息管理员使用工具来理解或解决生物问题,并有助于开发研究工具。有两种常规的生物信息管理员。1

  1. 第一类包括为生物信息学实施算法和开发工具的开发人员。
  2. 第二类包括负责与数据资源和数据集成有关的所有工作的策展人。

大多数生物信息管理员在不同的医学和健康领域工作,包括生物学,遗传学,蛋白质组学和药品。一些专业人士来自生物医学研究背景,而其他专业人员专注于计算工具。

生物信息学职业生涯所需的技能

您至少需要硕士学位,以及程序的能力,您需要能够学习和使用,复杂的技术。一些大学提供生物信息学学位

如果您决定在生物信息学致力于职业生涯,我们概述了一些您可能需要掌握的技能。

1.生物信息学技巧

您需要学习如何使用:2,3

  • 序列对准工具,如爆炸或蝴蝶结;
  • 基因组分析工具包(GATK);
  • 下一代测序,微阵列,QPCR和数据分析软件(Partek);
  • 处理高吞吐量测序数据的工具(例如SAMTOOLS);
  • 诸如集合收集基因数据集的工具;
  • 数据库搜索系统的工具(例如Entrez)。

2.统计技能

你需要学习:

  • 如何使用SPSS和SA等统计软件系统;
  • 如何使用Python或R进行统计分析。

3.编程技巧

你应该熟悉:

  • 以下一个或多个以下编程语言:R,Perl,Python,Java和Matlab;
  • 在Python中的机器学习工具和库等MLLIB和Scikit-Learn。

4.一般生物学知识

此要求将根据您的学习领域或您申请的特定工作而有所不同。您将很可能需要了解分子生物学,遗传和癌症生物学。

5.了解基因组学和遗传学

这种知识是生物信息学的核心。一些最重要的技能是高吞吐量测序,下一代测序和计算基因组学。

6.数据库管理

此要求包括传统的关系数据库,这是SQL(例如SQL Server和Oracle)的基础。您还应该对NoSQL数据库的认识,这也是如此非关系,分布式,开源,水平可扩展(例如MongoDB)。

您还要确保您对大数据数据库(例如TCGA)和大数据分析数据库(例如Vertica)有一些了解。

7.数据挖掘和机器学习

诸如分层聚类和决策树等技术的知识将在任何生物信息中的角色中有用。

8.一般技能

除了上述技术技能外,您还需要一系列可转让的技能,包括多址的能力,独立工作,良好的沟通技巧,好奇心,分析推理技能和管理技能。

生物信息学职业生涯的自由学习资源

以下是一些自由资源来开始学习您需要在生物信息学的职业生涯所需的技能。

SPSS.

SPSS-Tutorials.有一系列关于数据分析和各种统计测试的教程。

Sascrunch提供了列表免费资源来帮助您学习SAS

Python

如果你刚刚用Python开始,生物信息学使用Python编程:生物数据的实用编程由Mitchell L.模型是一个很好的起点。之后,您应该熟悉Numpy,用于矢量化阵列计算。Scipy对某些特殊功能或线性代数也非常有用。

如果要处理大数据,您需要了解用于在C的高性能数据处理中的一些Python-C绑定(例如SWIG,CTYPES,Cython)和Python中的操作。

R.

David Romney提供了学习R的在线资源列表。

Perl.

使用Perl在线库,您可以根据您的专业知识级别访问Perl或其他高级文档。

java.

有一个非常好的在线Java的教科书,而且LearnJavaonline.org交互式Java教程也很好。

马铃薯

Coursera赢得了一个伟大的课程教授Matlab的基础知识

分子生物学

加州大学生有一个分子生物学的互动在线教程

癌症生物学

在CancerQuest上提供了几种癌症生物动画和视频。

基因组学和遗传学

Embl-Ebi提供了一个高吞吐量测序数据分析的免费实用课程和另一个功能基因组学的课程

成为一名生物形态的人需要很多努力,但绝对值得努力。查看我们的文章可以使用生物信息学的一些方式。那里有任何生物形态管理员可以分享他们的经历吗?我们很想听到您在评论中如何进入生物信息学的职业生涯。

参考

  1. Vincent AT,Charets SJ。(2015)。谁有资格成为生物形态人员?遗传学的边疆6:164。
  2. 吴H,Palani A.(2015)。'生物信息管理员的生物信息学课程开发和技能2015年IEEE边疆教育会议(FIE)。IEEE:埃尔帕索,德克萨斯州。
  3. Welch L,Lewitter F,Schwartz R,Brooksbank C,Radivojac P,Gaeta B,Schneider MV。(2014)。生物信息学课程准则?:朝着核心竞争力的定义PLO计算生物学10(3):E1003496。

最初发布于2018年1月23日。2021年2月23日审查和重新发布。

拿着有科学符号的科学家的手的图片,显微镜和科学设备包围的科学符号表示有职业生物信息学的职业生涯

2评论

  1. Radha Jaiswal. 2019年10月31日上午11:46

    感谢分享我正在寻找信息作为生物信息科学家。我是本科生的生物学(具有生物技术浓度),并采取了几个CS课程,以及我的高年级的介绍性生物信息学课程。这对我来说非常有帮助,再次感谢细节博客



  2. 生物信息学 2018年12月26日上午7:34

    生物信息学是一个跨学科领域,主要涉及分子生物学和遗传学,计算机科学,数学和统计数据。数据密集型,大规模的生物问题是从计算的观点解决的。它的范围很高,以建立它的职业。感谢信息性文章,对许多学生来说很有帮助。保持分享。



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