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18次改善PubMed搜索的方法

拿着双筒望远镜的一个人的图片与一个惊奇的表达式来学习如何改善您的pubmed搜索
  • 你真的*在搜索文章时知道你在做什么PubMed
  • 你熟悉布尔运营商吗?
  • “网格”对你意味着什么?
  • 您可以找到(和使用)高级搜索构建器吗?
  • 您是否与我的NCBI设置了自动更新?
  • 你知道pubmed是多么涉及的其他NCBI数据库

如果你喜欢我(在我明白PubMed的搜索能力之前),你可能只在你的兴趣主题中输入,然后按Go。然后你回到了大约8亿的结果,这- 这只是一个猜测 - 远远超过你的读数。

这里有一些基本的技巧可以帮助你提高你的PubMed搜索,而不用浪费大量的时间在搜索结果页面上,从而让你尽快回到板凳上。除非你在回避湿式实验室,当然,这并不是说我曾经用文献搜索和背景阅读作为远离PCR机器的借口。

改善您的PubMed搜索:基础搜索

布尔运营商

你可能已经使用过它们,但可能不知道它们的正式名称。布尔运算符(AND, OR, NOT)用于组合搜索词,在PubMed中它们必须是大写的。

  • 并在您正在寻找包含所有搜索项的文章时使用(缩小搜索范围)。
  • 或者在寻找包含至少一个搜索条件的文章时使用(扩大搜索范围;通常用于同义词)。
  • 当您希望排除搜索词的文章时,不使用。

假设您对出生后嗅灯泡的关于细胞死亡的文章感兴趣。以下是一个非常简单的搜索结果,这是大多数搜索者的可能起点。它可能是一个“足够好”的搜索,但继续阅读以发现改进结果的方法。

搜索条文

#文章

解释

嗅灯泡和细胞死亡

492.

基本开始搜索
嗅灯泡和细胞凋亡

341.

细胞死亡的另一个术语
嗅灯泡和(细胞死亡或细胞凋亡)

586.

您希望有关此主题的所有可能的文章
嗅球与(细胞死亡或凋亡)未发育 402. 但是你不想要产前发展的论文

2.截断

使用*替换搜索任务结束时的一个或多个字符。如果您正在进行广泛的搜索,这可能非常有用,并将接受多种形式的搜索项,包括复数。

例子devel *(检索发展,开发,开发,发展,发展等)。请注意,如果一个术语被截断过分,则会在仅接收到第一个600变体的警告时,您将需要延长根目录搜索以获得有意义的结果。此外,请记住,截断仅限于您的搜索到关键字。

3.单引用匹配器

如果你想找到一个特定的引用,PubMed有一个方便的工具:单引用匹配器。一种非常快速的方式,它是开始进入日记名(可能会出现一个可能的标题的菜单),发布年份和第一个作者的姓氏(将选择限制为“仅作为第一个作者”)。

您可以更彻底地输入您输入的信息,但此策略通常只导致一个条目,或者最多只需几个,即可找到您真正想要的那个。

4.物品类型

随时您在PubMed上执行搜索,默认结果页面是“所有”结果,无论文章的类型。如果您只对某种类型的文章感兴趣,例如,评论文章,您可以将搜索缩小到此特定类型。执行搜索后,将出现左侧导航菜单,其中包括“文章类型”菜单。在菜单标题下,您可以选择“临床试验”,“查看”或“系统评论”,例如,将搜索范围缩小到那些文章类型。

但等等,还有更多。您可以使用“额外的过滤器”选项进一步改进PubMed搜索,该选项提供了更大的不同文章类型,包括临床试验的各个阶段。您也可以使用此菜单选择多种文章类型。

在上述实施例中,有22种“嗅灯泡和(细胞死亡或细胞凋亡)的审查制品”,因此可能是一个好的开始,特别是如果它是您的新主题。

关于选择文章类型的注意事项。如果你在同一页面进行后续搜索,过滤器仍然会生效(例如,如果你在第一次搜索中选择了“评论”,后续搜索将仅限于评论)。因此,如果搜索返回的文章比预期的要少,请检查它是否仍然限于特定的文章类型。

NCBI数据库

pubmed只是其中一个许多数据库可从NCBI提供。这些不同的数据库可以帮助改善您的PubMed搜索。我们将在这里只接触一个,但我们建议您去看所有其他可用数据库。

5.网格数据库

如果您真的想改善您的PubMed搜索,这是一个Biggie。代表医疗主题标题,是用于指定PubMed中所有物品的受控词汇。每篇文章都以多个网格描述符索引。当您在PubMed搜索框中输入一个术语时,它会自动翻译成相应的网格描述符 - 在幕后为您完成了很多工作。

网格描述符排列成树形结构,最多13个层次级别。更常见的网格描述符位于结构的顶部,您走的较低,更具体。

在我们的细胞死亡/细胞凋亡的例子中,术语“细胞死亡”实际上比“细胞凋亡”更高,这是一种细胞死亡(以及坏死和自噬)。除非您选择不包括它们(通过选择“不爆炸此术语”,否则PubMed搜索将自动包含层次结构中的所有这些条款。

这样想:如果您搜索“细胞死亡”,您将自动提取与“细胞凋亡”相关的文章(更广泛的搜索);如果您搜索“细胞凋亡”,您只会提升索引的文章,并将错过其他与死亡相关的文章(较窄的搜索)。更具体的搜索可能是您想要的。

用于细胞死亡的网状描述符包括药物效应,遗传学,免疫学,生理学和辐射效应。因此,如果您只对细胞死亡/细胞凋亡的遗传感兴趣,那么您可以选择描述符以优化您的搜索并摆脱更少的相关文章。

网格搜索条文

#文章

嗅灯泡和细胞死亡

492.

嗅灯泡和细胞死亡/遗传学

36

嗅灯泡和细胞凋亡

341.

嗅灯泡和凋亡/遗传学

25.

嗅灯泡和(细胞死亡/遗传或凋亡/遗传学)没有胚胎发展

28.

当您在网格中搜索“开发”术语 - 您获得113个可能性,包括“员工发展”,“美国国际发展局”,以及“人类发展”,以及“人类发展”。你只是对“胚胎发育”(即最终排除它),因此选择相应的。

底线 - 为什么使用MEBEL而不是刚输入您的搜索字词,就像你通常这样做?主要是因为使用它可以很快帮助您找到特定的,高度相关的结果。试试吧,如果你还没有,看看你的想法。

高级搜索构建器

高级搜索构建器是一个很棒的工具,可以帮助改善您的PubMed搜索来获得您正在寻找的内容。它包括以前存在的多个功能,以便在PubMed中存在,例如“历史”,“限制”,“预览/索引”和“详细信息”选项卡。要访问“高级搜索”构建器,请单击搜索框下方的“高级”按钮。让我们来看看高级搜索构建器的各种功能以及如何优化您的PubMed搜索。

6.字段

如果有一种方法可以真正快速地改进你的PubMed搜索,使用字段可能就是它。您可以选择不同的字段,这允许您将搜索关键字限制在关于文章的特定部分或信息。

例如,您可以声明搜索词必须包含在标题或摘要中。这允许您获得特定的匹配,而不是匹配,因为搜索词在引文中或只在讨论部分提到过一次。

您还可以使用它将搜索结果限制为特定语言的文章或在特定年份或日期范围内发表的文章,以进一步改进PubMed搜索。通过前面的示例,我们可以看到如何改进搜索。

搜索条文

#文章

嗅灯泡和细胞死亡

492.

(嗅灯泡[标题/摘要])和(细胞死亡)

393

(嗅球[标题/摘要])和(细胞死亡[标题/摘要])

183.

嗅灯泡[标题]和细胞死亡[标题/摘要]

53

嗅灯泡[标题]和细胞死亡[标题]

8.

在方括号中使用字段名称在这里表示搜索项在其限制之前的字段。这不仅在此方便使用,因为您可以使用此方法将搜索项限制为标准搜索框中的字段,而不是打开高级搜索构建器。还有PUBMED FIELD SHARTCODES.您可以使用而不是编写整个字段名称(例如[TIAB]等于[标题/抽象])。

7.仅找到免费的全文文件

想只得到那些有链接到全文免费的结果?您可以通过在搜索词中添加“free full text [SB]”来使用字段来限制搜索。

8.历史

历史历史段绝对非常宝贵,让您跟踪所有当前搜索。它显示在高级搜索构建器下方,并存储您所做的会话所做的所有搜索。它还使您更容易组合搜索,因为在每个上一个搜索旁边是“添加”按钮,允许您将该搜索字符串添加到当前搜索中。

18次改善PubMed搜索的方法

发送到菜单

执行搜索后,您可以使用“发送到”菜单,这些菜单显示在搜索栏下方。此菜单允许您将搜索结果发送到各种不同的地方。您可以发送整个搜索(默认值)或通过选择单个项目旁边的复选框,只需发送那些所选项目。

9.剪贴板

剪贴板就像你的搜索结果的临时存放箱。您最多可以向剪贴板发送500个条目,这些条目可以来自多次搜索。剪贴板会对结果进行重复,这意味着如果您发送两个结果重叠的搜索结果,重复的结果将被删除。

一旦它包含信息,您只能访问剪贴板(一旦您实际发送的东西)。然后它将显示为右侧发现菜单中的图标。剪贴板项目在退出或关闭PUBMED时消失,因此它真的仅用于短期存储。

幸运的是,在剪贴板上,你可以访问“发送到”菜单,让你可以将策划好的剪贴板项目发送到一个更永久的家。

10.文件

您可以将搜索结果(或剪贴板)发送到本地计算机上的文件。您可以将结果保存为任何一种PubMed格式(例如摘要或摘要)。

11.集合

如果您有NCBI帐户(您可以免费创建一个),您可以将任何搜索结果保存到集合中。每个集合最多可以包含1000个条目,您可以拥有多个集合,名称为您认为适合。这是一个很好的替代方案,可以在计算机上保存文件,并允许您轻松访问不同位置的结果。

12.引文

您可以下载MEDLINE(标记)格式的搜索结果引用文件,允许您快速、轻松地将它们添加到引用管理软件(如EndNote)中。

13.电子邮件

这个非常明显:您只需通过将结果发送给指定地址。快速肮脏。

14.我的参考书目

这与集合类似,但与集合不同的是,您可以手动添加引用(比如那些在PubMed中没有索引的引用)。如果您想在云中保存书目,这很有用。

发现菜单

15.详情

“高级搜索”菜单中的历史记录和搜索详细信息框允许您完全看PubMed是如何执行搜索的。例如,您对“嗅灯泡和(细胞死亡或细胞凋亡)而不是开发和嗅灯泡/生理学”的相对简单地搜索“嗅球/生理学”实际上转化为Pubmed:

(“olfactory灯泡”[网格术语]或(“olfactory”[所有字段]和“灯泡”[所有字段]或“olfactory灯泡”[所有字段])和((“细胞死亡”[网格术语]或(“细胞”[所有字段]和“死亡”[全场])或“细胞死亡”[全场])或(“细胞凋亡”[网格术语]或“细胞凋亡”[全场]))不(“生长和增长开发“[副标题]或(”增长“[全场]和”发展“[全场])或”增长和发展“[全场]或”发展“[全场])和”嗅灯泡/生理学“[网格术语]

你不庆幸你不用把这些都打出来吗?如果您对搜索的细节有任何疑问,或者如果您得到的结果太窄或太宽,您总是可以查看这些信息,然后再次运行它。

16.相关文章

一旦选择了一篇文章并在PubMed中查看了摘要,您可能已经注意到题为“类似文章”的文章列表到摘要。这些是关于NCBI / Pubmed的权力的文章,该文章已经决定与您当前正在寻找的物品最相似,并且它们以最不重要的排名排序排序。

这个列表是使用单词加权算法创建的基于来自标题,摘要和网格术语的单词。This related articles feature can be very useful when you’re exploring a new topic, and it can be a lot of fun to start exploring what’s essentially a trail of breadcrumbs, but be careful you don’t get lost while you’re looking and forget where you started!

17.相关信息

这是另一个不可或缺的功能,可以帮助改善您的PubMed搜索。您的搜索中的许多文章也有链接不仅仅是该文章的全文(再次基于机构订阅),而且还对许多生物信息学/分子生物学数据库和资源NCBI, 如entrez基因同源物地理配置文件Pubchem物质, 还有很多。

这样,您可以立即从文章中跳转到与该文章相关联的硬核数据 - 并且再次保存大量时间,不必在所有单个NCBI数据库中搜索数据。

所有这些信息的快捷方式只会在“相关信息”下显示,该信息在任何PubMed结果页面上的右侧。请注意,可用的信息类型因文章而异。

搜索结果

18.格式

简而言之,在搜索结果上面有几个选项,允许您选择您想要的结果显示方式。默认显示是Summary,它列出了文章的基本信息。如果你也想看到摘要,而不需要点击实际的链接(有用的打印/电子邮件),选择“摘要”。

您还可以查看为XML,MEDLINE或仅获取搜索结果的PubMed ID列表。试试这些选项,看看哪种最适合你。

19.排序

If you have a huge results list but are looking for a specific article within that list, the ‘Sort By’ feature under the ‘Display options’ tab allows you to arrange the results by Publication Date, First Author, Last Author, or Journal Title. It also has the option of searching for ‘Best Match’.

PubMed'最佳匹配'功能使用一种算法,利用机器学习和以前用户的搜索数据,以确定哪些文章是最相关的。

搜索支持

20.我NCBI

我NCBI是定制所有NCBI服务的中心位置。您可以使用它来保存搜索结果并设置电子邮件警报,以便在您的兴趣主题上发布新文章时通知。您需要注册此服务 - 我建议您这样做,至少要注册自动警报。这样,您将始终了解您的领域的新结果,特别是您可能不会定期检查的期刊。

21.教程

最后,最后一个提示来改善您的PubMed搜索。教程页面是去处如果您有任何疑问或需要更多关于PubMed,网格或我在此提到的任何功能的深入信息。有很多教程可以发现,所以幸福的搜索 - 并回到替补席上!

新PubMed

上述有关如何改进PubMed搜索的信息已更新,以反映多年来的PubMed搜索的变化。现在有一个闪亮的新的PUBMED.,该文章于2019年9月于2019年9月于2019年9月推出并成为默认情况。本文仍然涉及PubMed的遗产版,但请查看我们的有助于新的耻骨的文章

您是否有关于如何改进PubMed搜索的提示?在评论中删除一条线。

非常感谢Melissa Ratajeski、MLIS、RLAT为准备本文提供的帮助。还要感谢Tom的评论,他突出显示了新旧特性的比较表,使我们能够轻松地更新本文。

最初发布于2008年3月5日。2020年1月21日更新和修订.2月2021年2月。

拿着双筒望远镜的一个人的图片与一个惊奇的表达式来学习如何改善您的pubmed搜索

22日评论

  1. 珍妮 2020年2月17日下午2:25

    噢,这是一个令人难以置信的好帖子。寻找时间和实际
    努力做好文章......但我能说什么......我放了
    事情很多,不设法完成任何事情。



  2. 路易斯 2019年5月22日晚上9:05

    评论标签去哪了?



    • 劳拉兄弟队 2020年2月27日在下午12:58

      如果要将搜索结果限制为仅审查,您可以从左侧菜单中选择此选项。



  3. 汤姆 2019年4月14日上午11:00

    这是一个非常老的帖子,仍然得到很高的排名在谷歌搜索。在过去的10多年里,很多事情都发生了变化,但是如果你知道更新的参考文献,其中的一些建议仍然是好的;

    旧的PUBMED功能映射到新的PUBMED中的等效功能
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/nbk22891/table/nov09_4.t1/

    汤姆



    • 劳拉 2020年1月27日晚上8:38

      谢谢,汤姆,指着这一点。我们现在更新了它,链接非常有用!



  4. GE 2018年6月9日下午4:19

    这是非常有帮助的。谢谢你。我也建议使用pubplus.org。它是在加拿大不列颠哥伦比亚省大学开发的工具。找到所有重要论文都会发现它更容易。



  5. Rajesh Kv. 2018年3月7日上午8:31

    这篇文章真的很有帮助,谢谢。



  6. MJ. 2017年9月27日在下午3:51

    伟大的文章,非常有帮助!!



  7. 皮特Deltoro 2016年6月30日12:29

    宝贵的评论!我喜欢这个信息 - 是否有人知道我的业务是否能找到一个可用的内布拉斯加州1027豁免表格版本来填写?



  8. 萨姆 2016年3月28日晚上7:51

    这非常棒......您还应该查看delvehealth.com - 您可以在哪里跟踪搜索,记录您的流程并保存整个文档进程



  9. l 2009年5月6日上午10:14

    嗨约翰,,,

    感谢您对Xtractor的评论 - 这是一个使用该系统的真正漂亮的经验。该团队也与我联系,他们拥有这个新的商业版 - 具有语义搜索,并且是一个超过150k的知识库,这令人鼓舞的是全球的辉煌之一。

    谢谢

    l



  10. 约翰逊 2008年8月20日上午9:59

    这肯定有用,我还想建议您现在拥有高级的基于Web的工具,挖掘了Pubmed并为您提供最相关的内容。一个这样的工具,我拿到了知道是xtractor
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