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18次改善PubMed搜索的方法

一张男人拿着望远镜,脸上带着惊讶的表情,表示正在学习如何改进PubMed搜索
  • 你真的*在搜索文章时知道你在做什么PubMed.
  • 你熟悉布尔运算符吗?
  • “网格”对你意味着什么?
  • 您可以找到(和使用)高级搜索构建器吗?
  • 您是否与我的NCBI设置了自动更新?
  • 你知道pubmed是多么涉及的其他NCBI数据库

如果你喜欢我(在我明白Pubmed的搜索能力之前),你可能只会输入你感兴趣的主题,然后按Go。然后你回到了大约8亿的结果,这只是一个猜测 - 远远超过你的读数。

这里有一些基本的技巧,可以帮助你提高你的PubMed搜索,而不用浪费大量的时间在搜索结果页面上,从而让你尽快回到板凳上。当然,除非你是在避免潮湿的实验室,我并不是用文献搜索和背景阅读作为离开PCR机器的借口。

基本的搜索

布尔运营商

你可能已经使用它们,但可能不知道他们的正式名称。布尔运算符 - 以及,或者,不用于组合搜索术语,并且在Pubmed中,它们必须是大写的。

  • 并在您正在寻找包含所有搜索项的文章时使用(缩小搜索范围)。
  • OR在你寻找至少包含一个搜索词的文章时使用(扩大你的搜索范围;常用于同义词)。
  • 当您想要排除您的搜索词的文章时,使用NOT。

假设您对出生后嗅灯泡的关于细胞死亡的文章感兴趣。以下是一个非常简单的搜索结果,这是大多数搜索者的可能起点。它可能是一个“足够好”的搜索,但继续阅读以发现改进结果的方法。

搜索条文

#文章

解释

嗅灯泡和细胞死亡

492.

基本开始搜索
嗅球与细胞凋亡

341

细胞死亡的另一种说法
嗅灯泡和(细胞死亡或细胞凋亡)

586

您希望有关此主题的所有可能的文章
嗅灯泡和(细胞死亡或细胞凋亡)不开发 402. 但你不想要关于产前发育的论文

2.截断

使用*替换搜索词末尾的一个或多个字符。如果你正在做一个广泛的搜索,并且可以接受多种形式的搜索词,包括复数形式,这将是非常有用的。

例子devel *(检索发展,开发,开发,发展,发展等)。请注意,如果截断术语太多,您将在仅接收前600个变体中获取警告,因此您需要加长根目录搜索以获得有意义的结果。此外,请记住,截断仅限于您的搜索到关键字。

3.单引用匹配器

如果您尝试找到特定参考,PubMed有一个方便的工具:单引用匹配器。使用它的一个非常快捷的方法是开始输入期刊名称(可能的标题菜单弹出),出版年份,和第一作者的姓氏(限制选择为“仅作为第一作者”)。您可以对所输入的信息进行更彻底的处理,但这种策略通常只会导致一个条目,或者最多只有几个条目,然后您就可以找到您真正想要的那个。

4.物品类型

任何时候你在PubMed上执行搜索,默认的结果页是“所有”结果,无论文章的类型。如果你只对特定类型的文章感兴趣,比如评论文章,你可以将搜索范围缩小到这一特定类型。在执行一个搜索后,左边出现一个导航菜单,顶部菜单是“文章类型”。在菜单标题下,您可以选择“临床试验”或“审查”,以缩小搜索范围,只针对这些文章类型。

但是等等,还有更多。您可以使用定制选项进一步改进您的PubMed搜索,该选项提供了包括不同临床试验阶段在内的更多不同文章类型的选择。您也可以使用此菜单选择多种文章类型。

在上述实施例中,有22种“嗅灯泡和(细胞死亡或细胞凋亡)的审查制品”,因此可能是一个好的开始,特别是如果它是您的新主题。

关于选择文章类型的说明。如果你在同一页面执行后续搜索,过滤器仍然适用(例如,如果你的第一次搜索选择了“评论”,后续搜索将限于评论)。因此,如果您的搜索返回的文章比预期的少,请检查您是否仍将其限制在特定的文章类型。

NCBI数据库

PubMed只是其中之一许多数据库可从NCBI提供。这些不同的数据库可以帮助提高你的PubMed搜索。我们在这里只涉及一个数据库,但我们建议您也去看看所有其他可用的数据库。

5.网格数据库

如果你真的想提高你的PubMed搜索,这是一个大问题。代表医疗主题标题,是用于指定PubMed中所有物品的受控词汇。每篇文章都以多个网格描述符索引。当您在PubMed搜索框中输入一个术语时,它会自动翻译成相应的网格描述符 - 在幕后为您完成了很多工作。网格描述符以树结构排列,具有多达13个层次层次。越通用的网格描述符在结构的顶部,越低,它们就变得越具体。

在我们的细胞死亡/细胞凋亡的例子中,术语“细胞死亡”实际上比“细胞凋亡”更高,这是一种细胞死亡(以及坏死和自噬)。除非您选择不包括它们(通过选择“不爆炸此术语”,否则PubMed搜索将自动包含层次结构中的所有这些条款。

这样想:如果您搜索“细胞死亡”,您将自动提取与“细胞凋亡”相关的文章(更广泛的搜索);如果您搜索“细胞凋亡”,您只会提升索引的文章,并将错过其他与死亡相关的文章(较窄的搜索)。更具体的搜索可能是您想要的。

用于细胞死亡的网状描述符包括药物效应,遗传学,免疫学,生理学,辐射效应。因此,如果您只对细胞死亡/细胞凋亡的遗传感兴趣,那么您可以选择描述符以优化您的搜索并摆脱更少的相关文章。

网搜索条件

#文章

嗅灯泡和细胞死亡

492.

嗅球和细胞死亡/遗传学

36.

嗅球与细胞凋亡

341

嗅球与细胞凋亡/遗传学

25.

嗅灯泡和(细胞死亡/遗传或凋亡/遗传学)没有胚胎发展

28.

当您在网格中搜索“开发”术语 - 您获得113个可能性,包括“员工发展”,“美国国际发展局”,以及“人类发展”,以及“人类发展”。你只是对“胚胎发育”(即最终排除它),因此选择相应的。

底线-为什么使用网格而不是像你通常做的只是输入你的搜索词?主要是因为使用它可以帮助你快速找到特定的、高度相关的结果。如果你还没有尝试一下,看看你的想法。

高级搜索构建器

高级搜索构建器是一个很棒的工具,可以帮助改善您的PubMed搜索来获得您正在寻找的内容。它包括以前存在的多个功能,以便在PubMed中存在,例如“历史”,“限制”,“预览/索引”和“详细信息”选项卡。要访问“高级搜索”构建器,请单击搜索框下方的“高级”按钮。让我们来看看高级搜索构建器的各种功能以及如何优化您的PubMed搜索。

6.字段

如果有一种方法可以真正提高你的PubMed搜索速度,使用字段可能就是它。您可以选择不同的字段,这些字段允许您将搜索关键字限制为关于文章的特定部分或信息。例如,你可以声明搜索词必须包含在标题或摘要中。这允许您获得特定的匹配,而不是匹配,因为搜索词在引用中或在讨论部分中只提到过一次。您还可以使用它将搜索结果限制为特定语言的文章或在特定年份或日期范围内发表的文章,以进一步改进PubMed搜索。使用前面的示例,我们可以看到这是如何改进搜索的。

搜索条文

#文章

嗅灯泡和细胞死亡

492.

(嗅球)和(细胞死亡)

393

(嗅灯泡[标题/摘要])和(细胞死亡[标题/摘要])

183

嗅灯泡[标题]和细胞死亡[标题/摘要]

53.

嗅灯泡[标题]和细胞死亡[标题]

8.

在这里使用方括号中的文件名称在这里指示了在其限制之前的搜索项的字段。这不仅在此方便使用,因为您可以使用此方法将搜索项限制为标准搜索框中的字段,而不是打开高级搜索构建器。还有PubMed场短码您可以使用而不是编写整个字段名称(例如[TIAB]等于[标题/抽象])。

7.找到免费的全文报纸l

只想获得免费的结果,免费获得与全文链接的结果?您可以使用字段来以这种方式通过在搜索条目中添加“免费完整文本[SB]”来限制搜索。

8.历史

历史记录部分绝对非常宝贵,以跟踪所有当前搜索。它显示在高级搜索构建器下方,并存储您所做的会话所做的所有搜索。它还使您更容易组合搜索,因为在每个上一个搜索旁边是“添加”按钮,允许您将该搜索字符串添加到当前搜索中。

18次改善PubMed搜索的方法

发送到菜单

一旦你执行了一个搜索,你就可以使用出现在搜索结果左上角的“发送到”菜单。该菜单允许您将搜索结果发送到各种不同的地方。您可以发送整个搜索(默认),也可以选择单个项目旁边的复选框,您可以只发送那些选中的项目。

9.剪贴板

剪贴板就像临时保存箱,用于搜索结果。您可以将最多500项发送到剪贴板,并且这些可以来自多个搜索。剪贴板Defuplicates结果含义如果您将两个搜索结果发送重叠结果的结果,将删除重复项。一旦它包含任何信息,您只能访问剪贴板(一旦您实际发送的东西)。然后它将显示为右侧发现菜单中的图标。剪贴板项目在退出或关闭PUBMED时消失,因此它真的仅用于短期存储。幸运的是,从剪贴板您可以访问发送到菜单,允许您将策致剪贴板项沿其发送到更永久的家庭。

10.文件

您可以将搜索结果(或剪贴板)的结果发送到本地计算机上的文件。您可以以任何PubMed格式保存结果(例如摘要或摘要)。

11.收藏品

如果您有NCBI帐户(您可以免费创建一个),您可以将任何搜索结果保存到集合中。每个集合最多可以包含1000个条目,您可以拥有多个集合,名称为您认为适合。这是一个很好的替代方案,可以在计算机上保存文件,并允许您轻松访问不同位置的结果。

12.引文

您可以在Medline(标记)格式中下载搜索结果的引用文件,允许您快速且轻松地将其添加到您的参考管理器(如Endnote)中。

13.电子邮件

这个非常明显,你只是通过将结果发送给指定地址。快速肮脏。

14.我的参考书目

这类似于集合,但与集合不同,您可以手动添加引文(例如在Pubmed中未索引的引用)。如果您想在云中保留参考书目,有用。

发现菜单

15.细节

右侧发现菜单中的详细信息框允许您查看PubMed如何执行搜索。例如,您对“嗅灯泡和(细胞死亡或细胞凋亡)而不是开发和嗅灯泡/生理学”的相对简单地搜索“嗅球/生理学”实际上转化为Pubmed:

(“olfactory灯泡”[网格术语]或(“olfactory”[所有字段]和“灯泡”[所有字段]或“olfactory灯泡”[所有字段])和((“细胞死亡”[网格术语]或(“细胞”[所有字段]和“死亡”[全场])或“细胞死亡”[全场])或(“细胞凋亡”[网格术语]或“细胞凋亡”[全场]))不(“生长和增长开发“[副标题]或(”增长“[全场]和”发展“[全场])或”增长和发展“[全场]或”发展“[全场])和”嗅灯泡/生理学“[网格术语]

你不是很高兴你不必输入所有这些吗?查看此信息总是很好的,如果您对搜索的详细讨论了,或者如果您获得太狭窄甚至广泛的结果 - 您可以始终改进搜索并再次运行。

16.相关文章

一旦您选择了一篇文章并在PubMed中查看了摘要,您可能已经注意到一个有权在“发现”菜单中摘要的“类似文章”的文章列表。这些是关于NCBI / Pubmed的权力的文章,该文章已经决定与您当前正在寻找的物品最相似,并且它们以最不重要的排名排序排序。

此列表使用单词加权算法创建基于来自标题、摘要和网格术语的单词。当你在探索一个新的主题时,这个相关的文章功能是非常有用的,它可以是很多有趣的开始探索本质上是面包屑的踪迹,但要小心,你不要迷路,而忘记你开始的地方!

17.相关信息

这是另一个不可或缺的功能,可以帮助改善您的PubMed搜索。您的搜索中的许多文章也有链接不仅仅是该文章的全文(再次基于机构订阅),而且还对许多生物信息学/分子生物学数据库和资源ncbi., 如Entrez基因同源物地理配置文件Pubchem物质,以及更多。

这样,您可以立即从文章中跳转到与该文章相关联的硬核数据 - 并且再次保存大量时间,不必在所有单个NCBI数据库中搜索数据。所有这些信息的快捷方式只会在“相关信息”下显示,该信息在任何PubMed结果页面上的右侧。请注意,可用的信息类型因文章而异。

搜索结果

18.格式

简而言之,在搜索结果之上有一些选项允许您选择要显示结果的方式。默认显示是摘要,列出了有关文章的基本信息。如果您还想看到摘要而无需单击实际链接(适用于打印/电子邮件),请选择“摘要”。您也可以查看为XML,Medline或Juts获取搜索结果的PubMed ID列表。在选择最适合您的选择中游戏。

19.排序

如果您有一个巨大的结果列表,但正在寻找该列表中的特定文章,请排序允许您按出版日期,第一个作者,最后一个作者或期刊标题排列结果。它还可以选择搜索“最佳匹配”。这PubMed'最佳匹配'功能选项使用利用机器学习和先前用户搜索数据的算法来确定哪些文章与您最相关。

搜索支持

20.我的ncbi.

我的ncbi.是定制所有NCBI服务的中心场所。您可以使用它来保存搜索结果,并设置电子邮件提醒,让您知道何时有关于您感兴趣的主题的新文章发表。你需要注册这项服务-我建议你这样做,至少注册自动警报。这样你就会一直注意到你所在领域的新成果,特别是那些你可能不会定期查看的期刊。

21.教程

最后,最后一个提示来改善您的PubMed搜索。这是去处如果您有任何疑问或需要更多关于PubMed,网格或我在此提到的任何功能的深入信息。有很多才能发现,所以幸福的搜索 - 并回到替补席上!

新的PUBMED.

以上信息已经更新,以反映近年来PubMed搜索的变化。现在有一个闪亮的”新的PUBMED.这是去年年底推出的,今年晚些时候将成为违约。本文仍然与旧版本的PubMed有关,但请留意我们即将发表的关于新PubMed的文章。

非常感谢Melissa Ratajeski,MLIS,RLAT,为她的帮助准备这篇文章。还要感谢Tom为他的评论突出显示旧功能的比较表,允许我们轻松更新本文。

最初发布于2008年3月5日。2020年1月21日更新和修订。

一张男人拿着望远镜,脸上带着惊讶的表情,表示正在学习如何改进PubMed搜索

22评论

  1. 珍妮 2020年2月17日下午2:25

    噢,这是一个令人难以置信的好帖子。寻找时间和实际
    努力做好文章......但我能说什么......我放了
    事情很多,不设法完成任何事情。

  2. luis. 2019年5月22日晚上9:05

    审查选项卡在哪里?

    • 劳拉Grassie 2020年2月27日在下午12:58

      如果要将搜索结果限制为仅审查,您可以从左侧菜单中选择此选项。

  3. 汤姆 2019年4月14日晚上11点

    这是一个非常古老的帖子,仍然在谷歌搜索中获得高级。在过去的10年里,许多事情发生了变化,但如果您知道更新的参考资料,则一些提示仍然很好;

    旧的PUBMED功能映射到新的PUBMED中的等效功能
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK22891/table/nov09_4.T1/

    汤姆

    • 劳拉 2020年1月27日晚上8点38分

      汤姆,谢谢你指出这一点。我们现在已经更新了它,这个链接非常有用!

  4. 通用电气 2018年6月9日在下午4:19

    这是非常有帮助的。谢谢你。我还建议使用pubplus.org。它是在加拿大不列颠哥伦比亚省大学开发的工具。找到所有重要论文都会发现它更容易。

  5. Rajesh KV 2018年3月7日上午8:31

    这是真的有助于的文章......谢谢..

  6. MJ. 2017年9月27日在下午3:51

    伟大的文章,非常有帮助!!

  7. Pete deltoro 2016年6月30日上午12:29

    宝贵的评论!我喜欢这个信息 - 是否有人知道我的业务是否能找到一个可用的内布拉斯加州1027豁免表格版本来填写?

  8. 山姆 2016年3月28日晚上7:51

    这非常棒......您还应该查看delvehealth.com - 您可以在哪里跟踪搜索,记录您的流程并保存整个文档进程

  9. 朗姿 2009年5月6日上午10:14

    嗨约翰,,,

    谢谢你对XTractor的评论,这是一个非常好的使用系统的体验。团队也联系了我,他们有了这个新的商业版本——它有语义搜索,还有一个超过150K的知识库,这是令人鼓舞的,也是全球范围内最辉煌的努力之一。

    谢谢

    朗姿

  10. 约翰逊 2008年8月20日上午9时59分

    这肯定有用,我还想建议您现在拥有高级的基于Web的工具,挖掘了Pubmed并为您提供最相关的内容。一个这样的工具,我拿到了知道是xtractor
    这为免费提供从Pubmed的手动注释内容

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