跳到内容

Thermo Fisher Scientific Inc.(纽约证券交易所代码:TMO)是全球服务科学的领导者,收入为170亿美元,50个国家的员工约有50,000名员工。

我们的使命是让我们的客户使世界更加健康,更清洁和更安全。我们帮助客户加速生命科学研究,解决复杂的分析挑战,改善患者诊断并提高实验室生产力。

通过我们的首要品牌 - Thermo Scientific,Applied Biosystems,Invitrogen,Fisher Scientific和Unity Lab服务 - 我们提供创新技术的无与伦比的组合,采购
便利和全面的支持。

3'mRNA-SEQ正在转化基因表达分析

内容赞助Thermo Fisher.

描绘基因表达分析的管道和测序数据的成像

为什么个人对药物或生命事件的反应不同?回答这个问题是药物或疫苗开发过程中的一个重要步骤,一个开始的地方是确定差异基因表达是否发挥作用。

从历史上看,如果你想学习基因表达,你会使用QPCR。但这种方法限制了您可以检查的基因数量,并且需要先验知识的基因序列,这意味着不可能鉴定和分析新基因。

一种解决方案是利用下一代测序(NGS),这可以促进更高的吞吐量。NGS允许您在宽范围的环境中进行基因表达发现,无需现有假设,并识别响应特定刺激的特定基因,例如抗癌药物。

全转录组RNA测序为每个转录物提供碱基对分辨率,如果您需要研究突变或剪接变体,这可能是有用的。但是,如果您的研究目标是测量基因的表达水平,则使用全转录组RNA将使您提供比您所需要的更多数据。多余数据意味着在执行实验和分析数据时花费更多的金钱和时间。

如果您正在寻找一个NGS方法来配置不会吹预算的基因表达,请考虑3'mRNA-SEQ。该方法夸耀了基因表达的敏感性检测,更直接的数据分析,与全转录组RNA测序相比可以节省成本,因为本文将解释。

基因表达分析方法的比较

要了解3'mRNA-SEQ与其他NGS基因表达分析方法的不同,让我们对比较他们的工作流程和输出。

表达分析的全转录组RNA测序

全转录组RNA测序可以检测未知的转录物并同时进行编码和非编码基因。全转录组RNA测序为您提供了识别先前未知的药物目标和效果的能力,并识别将与特定治疗方式不同的人。套件如Invitrogen.TM值Collibri.TM值Slanded RNA-SEQ试剂盒为IlluminaTM值系统使这项任务相对简单。工作流程涉及:

  • 使用磁性oligo-dt珠子捕获mRNA
  • mRNA的碎片
  • 向RNA添加辅助剂适配器,其在PCR期间为Illumina系统形成全长测序适配器
  • 一代双链cDNA
  • 图书馆放大
  • 图书馆量化
  • 测序。

您可以通过比较来自不同实验组的读数数据来测量差异基因表达。例如,与对照相比的药物处理的样品。来自全转录组测序的差异基因表达对应于QPCR数据,并显示复制样品之间的高水平再现性。

与这种方法的一个警告是,与3'mRNA测序相比,每次样本需要更多读数,因此执行数据分析更具挑战性,并且需要更大的对测序化学投资。

3'MRNA-SEQ:NGS表达分析更简单的替代方案

3'MRNA-SEQ还提供了同时研究许多基因的表达水平的能力,而无需先前了解基因序列。与传统的mRNA-SEQ方法一样,它在复制样本之间也具有高水平的重复性,并且对应于QPCR数据。

3'mRNA-SEQ的优点

3'mRNA-SEQ方法类似于传统的MRNA-SEQ方法,但具有一些关键差异。

  • 逆转转录仅使用寡核苷酸底漆在mRNA的3'Polya尾部进行
  • 在二链合成之前,mRNA降解。

这些差异意味着3'mRNA-SEQ不会对较长的转录物的偏差问题与整个转录组测序相同,因为它仅产生每转录物的一个片段。每个转录物的仅产生一个片段还简化了数据分析,因为不需要调整转录长度。

在基因表达分析中使用3'mRNA-SEQ

如果您不确定测试此新技术,请放心,3'MRNA-SEQ已用于各种研究兴趣以及一系列不同组织和实验条件。

奥地利的研究人员使用3'mRNA-SEQ调查了癌症免疫患者的途径。[1]它们比较了野生型和免疫缺血小鼠的响应以注射MC38结肠腺癌细胞。由此,它们能够识别与肿瘤引发的免疫防御机制相关的几个基因,进一步了解我们对参与这一重要过程中涉及的途径的理解。

胃肠学是一个已经受益于3'MRNA-SEQ技术的另一个领域,德国研究人员使用它来研究小鼠肠生物群落对炎症反应的影响。[2]与无病原体微生物群组化的无菌小鼠和健康小鼠的比较导致鉴定无菌小鼠中的巨噬细胞生物学相关的差异表达基因。

3'MRNA-SEQ也有商业应用,泰国的研究人员使用它来研究土耳其中的代谢反应aspergillus terreus.。[3]这种真菌产生衣康酸,这是许多工业过程中使用的重要化学品。研究人员在增加的衣康酸生产的条件下鉴定了上调基因。这些基因的鉴定有助于阐明途径A. Terreus.形成衣康酸,并建议未来的未来基因编辑目标以优化生产。

总结3'mRNA-SEQ的好处

3'mRNA-SEQ已经用于研究各种组织和物种中的差异基因表达,并允许研究人员识别一系列过程中途径的新组分。这种技术正在进一步了解我们对来自健康问题,包括癌症和IBS的一系列主题的知识,以对商业利益进行商业利益,例如优化商业上有价值的生物制造。

当涉及检测未知基因的差异表达时,3'mRNA-SEQ具有成本效益,易于分析,并且作为整体转录组测序的可重复性。没有额外的成本用于测序化学以产生更高数量的读取,并且该方法与所有Illumina NGS系统兼容。

参考

  1. Efremova,M.,Rieder,D.,Klepsch,。(2018)。靶向免疫检查点具有免疫性的增强,改变肿瘤进化的动态。自然通信9.(1),1-13。DOI:10.1038 / S41467-017-02424-0
  2. Schmidt,F.,Dahlke,K。,Batra,。(2019)。在成熟中的微生物定植形状肠道巨噬细胞克罗恩和结肠炎杂志杂志13.(9),1173-1185。DOI:10.1093 / ECCO-JCC / JJZ036
  3. Songserm,P.,Karnchanatat,A.,Thitiprasert,S。,。(2018)。代谢反应aspergillus terreus.在低溶解的氧气和pH水平下。微生物学史68.(4),195-205。DOI:DOI:10.1007 / S13213-018-1330-6
描绘基因表达分析的管道和测序数据的成像
图像信用:Hyungkeun.

发表评论

你一定是登录发表评论。

本网站使用AkisMet减少垃圾邮件。了解如何处理评论数据

滚动到顶部
分享Via
复制链接