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教自己Python:生物学家指南

两个人的图象计算机的有计算机代码的。

编程对生物学家来说可以令人难以忍受,并成为研究人员的越来越重要的技能。然而,我们知道开始自学可能会令人困惑和恐慌。如果您想以自己的速度学习Python,那么您就在正确的位置。本文旨在提供启动Python自学旅程所需的所有信息。无论如何,您将是一个更快,更高效的研究员,没有人会远离。

我为什么要学会编程?

您是否厌倦了对您的数据反复执行相同的计算?你曾经觉得文学搜索永远不会结束吗?一旦您成为一个编程生物学家您可以轻松自动化所有这些(以及其他)无聊,平凡,时间吮吸任务,并专注于其他事情!这就是让我学会编程的原因。

好的,那么我为什么要学习python?

在那里有几种编码语言,可以令人生畏地令人生畏,这是你的目的是正确的。我在Perl,R和Python之间辩论了一段时间。在学习所有三个的基础之后,我与Python一起使用了以下原因:

  • 最广泛使用。
  • 广泛的社区支持。
  • 简单的学习曲线。
  • 一致且可读的语法。

Python特别适合研究人员因为若干生物程序员已经贡献了许多库来制作Python Science友好的。Python文档还有一个致力于其科学观众的部分。以下是Python可能成为您最佳选择的生物学研究语言选择的更多原因:

  • 广泛用于科学界。
  • 建立复杂科学问题的库。
  • 与其他现有工具兼容。
  • 易于操纵DNA,RNA,氨基酸等序列。
  • 简单的数据操作和可视化。

值得一提的是,有两个Python版本:Python 2和Python 3. Python 3仍然积极开发,具有规则的新功能。因此,如果新的学习者专注于学习Python 3,那将更好。

Python在生物学中的应用

如果ngs是您的平台,那么请查看这些早期的Bio件Bio件bob体育是赌钱的吗为NGS选择合适的语言选择右边NGS的脚本语言。但编程不仅仅在NGS;它可以用于许多更多的任务,如文献搜索,操纵DNA和蛋白质序列,以及数据分析和可视化。

BIOPYTHON.是用于在生物信息学中计算的开源库。PMED是另一个可以帮助研究人员在PUBMED中进行一致和可读批量搜索查询的另一个库,使文献搜索微风。[1] Python与其库是一个功能强大的工具,可以操纵,探索和可视化复杂数据集。PANDAS [2]用于数据操作和海运[3]进行数据可视化。使用Python,存储,组织,分析和显示您累积的大量数据将不再是可怕的。

让我们学习!

  1. 根据笔记本电脑(MacOSX / Windows)下载Python [4]。
  2. CodeAcademy [5]有一个交互式课程,可以让您开始使用基础知识。
  3. 您不必记住每个语法。像Pycharm [6]这样的IDES(交互式开发环境)给出了键入代码的建议和自动填充。它们还可以选择逐步了解(调试)代码,这是学习的重要组成部分。
  4. 用Python自动化无聊的东西 - 完全初学者的实际编程[7]是我的最爱。这让我深入了解在Python中所需的一切。
  5. 我发现生物学符合编程:Coursera初学者的生物信息学[8]非常丰富。本课程让我努力轻松操纵DNA和氨基酸序列。
  6. 一旦你到达这一步,天空是极限。您可以在像Rosalind [9]这样的网站上练习您的技能 - 用于生物信息学,为生物学家[10]和Python进行生物学家的Python [11],用于生物学编码练习。
  7. 有一个问题?你可以发布或找到任何东西堆栈溢出,有一个庞大的支持社区。
  8. 我还建议在获得基础知识后查看官方Python文档。

我应该学习r和python吗?

R广泛用于统计计算和图形;它产生具有数学符号和公式的出版物质量图。但是,Python用于一般目的,因此它仍然是研究人员最具活力和多功能的编程语言。随着其特定于科学界的内置图书馆,Python可能是为了生物学家的日常需求而方便。

Python对我改变了生物学,并使繁琐的事情变得非常有趣。Python是否将成为您的第一个编码语言,或者您在口袋里已经有其他编码语言?在下面的评论中分享您的编码学习路径和提示!

参考

  1. WOBBEN G.PMED:用于访问PUBMED的PYTHON库。访问了2020年8月05日。
  2. 熊猫。访问了2020年8月10日。
  3. 海运。访问了2020年8月10日。
  4. python.org。下载python.。访问了2020年7月29日。
  5. CodeCademy。学习Python 3.。2020年7月27日获得。
  6. 码头。Pycharm:Jetbrains专业开发人员的Python IDE。2020年7月27日获得。
  7. Sweigart A.使用Python自动化无聊的东西:完全初学者的实用编程。旧金山:没有淀粉媒体;2015年。
  8. Coursera。生物学符合编程:初学者的生物信息学。访问了2020年7月29日。
  9. Rosalind |问题|地点。2020年7月27日获得。
  10. 练习·生物学家编程。访问了2020年7月29日。
  11. 锻炼档案。用于生物学家的Python。访问了2020年7月29日。
两个人的图象计算机的有计算机代码的。

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